关于污水处理费的扣税问题，根据相关税收政策规定，具体处理方式如下：
一、增值税处理
代收代缴增值税
公共供水企业代收的污水处理费，由城镇排水主管部门负责征收并上缴国库，属于代收代缴行为，不征收增值税。
免税收入处理
政府委托代收 ：各级政府及主管部门委托自来水厂（公司）随水费收取的污水处理费，免征增值税。
差额扣除不适用 ：即使存在支付给市政部门的水费差额，也不得从销售额中减除。
特殊场景
若涉及提供污水处理服务（如自建处理设施），则需按3%征收率计算缴纳增值税，但污水处理费本身属于不征税收入，不与提供服务的销售额合并计算。
二、企业所得税处理
收入确认
代收的污水处理费应计入企业收入总额，但需注意：
若费用已上缴财政（如案例中的12200万元），可作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除；
若未上缴财政，则需全额计入收入。
扣除项目
企业实际支付给市政部门的污水处理费，可作为成本费用在税前扣除。
三、其他注意事项
票据要求 ：代收单位需使用财政部门统一印制的票据作为收费凭证；
税务登记 ：若涉及污水处理服务，需按相关规定办理增值税和个人所得税税务登记。
综上，污水处理费的增值税处理以是否上缴财政为分界，未上缴部分需并入收入纳税，已上缴部分可抵减应纳税所得额。
