武汉海军学院（即中国人民解放军海军工程大学）的专业设置包括指挥类专业和非指挥类专业两大类。以下是具体的专业列表：
指挥类专业
指挥科学与技术
作战指挥与火控系统
海军舰艇指挥
非指挥类专业
电气工程
船舶与海洋工程
控制科学与工程
计算机科学与技术
信息工程
电子工程
兵器工程
管理科学与工程
装备经济与管理
此外，海军工程大学还设有多个学院，涵盖上述专业的详细分设，例如电气与自动化工程学院、信息工程学院、船舶与动力学院、电子工程学院、研究生院、兵器工程系、管理工程系和装备经济与管理系等。
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