开设的院系有：
文学院、历史学院、哲学系（宗教学系）、新闻传播学院、法学院、商学院、外国语学院、政府管理学院、信息管理学院、社会学院、数学系、物理学院、天文与空间科学学院、化学化工学院、计算机科学与技术系、软件学院、人工智能学院、电子科学与工程学院（示范性微电子学院）、现代工程与应用科学学院、环境学院、地球科学与工程学院、地理与海洋科学学院、大气科学学院、生命科学学院、医学院、工程管理学院、匡亚明学院、海外教育学院、建筑与城市规划学院、马克思主义学院、艺术学院、金陵学院、教育研究院、大学外语部、体育部、中美文化研究中心、模式动物研究所、中国思想家研究中心。
| 院系设置 | |||
| 文学院 | 历史学院 | 哲学系（宗教学系） | |
| 新闻传播学院 | 法学院 | 商学院 | |
| 外国语学院 | 政府管理学院 | 信息管理学院 | |
| 社会学院 | 数学系 | 物理学院 | |
| 天文与空间科学学院 | 化学化工学院 | 计算机科学与技术系 | |
| 软件学院 | 人工智能学院 | 电子科学与工程学院（示范性微电子学院） | |
| 现代工程与应用科学学院 | 环境学院 | 地球科学与工程学院 | |
| 地理与海洋科学学院 | 大气科学学院 | 生命科学学院 | |
| 医学院 | 工程管理学院 | 匡亚明学院 | |
| 海外教育学院 | 建筑与城市规划学院 | 马克思主义学院 | |
| 艺术学院 | 金陵学院 | 教育研究院 | |
| 大学外语部 | 体育部 | 中美文化研究中心 | |
| 模式动物研究所 | 中国思想家研究中心 | ||
