开设的院系有：
建筑学院、机械工程学院、能源与环境学院、信息科学与工程学院、土木工程学院、电子科学与工程学院、数学学院、自动化学院、计算机科学与工程学院、物理学院、生物科学与医学工程学院、材料科学与工程学院、人文学院、经济管理学院、电气工程学院、外国语学院、体育系、化学化工学院、交通学院、仪器科学与工程学院、艺术学院、法学院、医学院、公共卫生学院、吴健雄学院、海外教育学院、软件学院、微电子学院、马克思主义学院、网络空间安全学院、人工智能学院、东南大学雷恩研究生学院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、生命科学与技术学院。
| 院系设置 | |||
| 建筑学院 | 机械工程学院 | 能源与环境学院 | |
| 信息科学与工程学院 | 土木工程学院 | 电子科学与工程学院 | |
| 数学学院 | 自动化学院 | 计算机科学与工程学院 | |
| 物理学院 | 生物科学与医学工程学院 | 材料科学与工程学院 | |
| 人文学院 | 经济管理学院 | 电气工程学院 | |
| 外国语学院 | 体育系 | 化学化工学院 | |
| 交通学院 | 仪器科学与工程学院 | 艺术学院 | |
| 法学院 | 医学院 | 公共卫生学院 | |
| 吴健雄学院 | 海外教育学院 | 软件学院 | |
| 微电子学院 | 马克思主义学院 | 网络空间安全学院 | |
| 人工智能学院 | 东南大学雷恩研究生学院 | 东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院 | |
| 生命科学与技术学院 | |||
