开设的院系有：
外国语学院、英语系、日语系、德语系、研究生公共英语系、艺术学院、体育学院、美视电影学院、国际学院、弘深学院、博雅学院、人文社会科学高等研究院、公共管理学院、经济与工商管理学院、新闻学院、法学院、马克思主义学院、数学与统计学院、物理学院、化学化工学院、生命科学学院、现代物理中心、分析测试中心、机械工程学院、电气工程学院、能源与动力工程学院、资源与安全学院、材料科学与工程学院、航空航天学院、汽车工程学院、重庆大学-辛辛那提大学联合学院、机械传动国家重点实验室、重庆自主品牌汽车协同创新中心、建筑城规学院、土木工程学院、环境与生态学院、管理科学与房地产学院、光电工程学院、微电子与通信工程学院、计算机学院、自动化学院、大数据与软件学院、医学部、医学高等研究院（医学院）、药学院(创新药物研究中心)、生物工程学院、附属肿瘤医院、附属三峡医院、附属中心医院、通信与测控中心、重大城市科技学院。
| 院系设置 | |||
| 外国语学院 | 英语系 | 日语系 | |
| 德语系 | 研究生公共英语系 | 艺术学院 | |
| 体育学院 | 美视电影学院 | 国际学院 | |
| 弘深学院 | 博雅学院 | 人文社会科学高等研究院 | |
| 公共管理学院 | 经济与工商管理学院 | 新闻学院 | |
| 法学院 | 马克思主义学院 | 数学与统计学院 | |
| 物理学院 | 化学化工学院 | 生命科学学院 | |
| 现代物理中心 | 分析测试中心 | 机械工程学院 | |
| 电气工程学院 | 能源与动力工程学院 | 资源与安全学院 | |
| 材料科学与工程学院 | 航空航天学院 | 汽车工程学院 | |
| 重庆大学-辛辛那提大学联合学院 | 机械传动国家重点实验室 | 重庆自主品牌汽车协同创新中心 | |
| 建筑城规学院 | 土木工程学院 | 环境与生态学院 | |
| 管理科学与房地产学院 | 光电工程学院 | 微电子与通信工程学院 | |
| 计算机学院 | 自动化学院 | 大数据与软件学院 | |
| 医学部、医学高等研究院（医学院） | 药学院(创新药物研究中心) | 生物工程学院 | |
| 附属肿瘤医院 | 附属三峡医院 | 附属中心医院 | |
| 通信与测控中心 | 重大城市科技学院 | ||
