开设的院系有：
航海学院、轮机工程学院、船舶电气工程学院、信息科学技术学院、交通运输工程学院、航运经济与管理学院、船舶与海洋工程学院、环境科学与工程学院、法学院、外国语学院、公共管理与人文艺术学院、马克思主义学院、理学院、体育工作部、创新创业学院、继续教育学院(深圳研究院挂靠)、专业学位教育学院、航海训练与工程实践中心、航运发展研究院、留学生教育中心、国际联合学院。
| 院系设置 | |||
| 航海学院 | 轮机工程学院 | 船舶电气工程学院 | |
| 信息科学技术学院 | 交通运输工程学院 | 航运经济与管理学院 | |
| 船舶与海洋工程学院 | 环境科学与工程学院 | 法学院 | |
| 外国语学院 | 公共管理与人文艺术学院 | 马克思主义学院 | |
| 理学院 | 体育工作部 | 创新创业学院 | |
| 继续教育学院(深圳研究院挂靠) | 专业学位教育学院 | 航海训练与工程实践中心 | |
| 航运发展研究院 | 留学生教育中心 | 国际联合学院 | |
