开设的院系有：
海洋科学与技术学院、水产学院、食品与医药学院、船舶与机电工程学院、港航与交通运输工程学院、石化与能源工程学院、数理与信息学院、经济与管理学院、人文学院、教师教育学院、外国语学院、马克思主义学院、创新创业学院、国际海洋教育学院、（与国际交流合作处、港澳台办公室合署）、体育与军训教育部、海洋体育发展中心、继续教育学院、（与继续教育处合署）、浙江海洋大学东海科学技术学院、萧山科技学院、国家海洋设施养殖工程中心、海洋生物种质发掘利用国家地方联合实验室、创新应用研究院、东海发展研究院、海洋高等教育研究所（与发展规划处合署） 、海洋水产研究所、海洋与渔业研究所。
| 院系设置 | |||
| 海洋科学与技术学院 | 水产学院 | 食品与医药学院 | |
| 船舶与机电工程学院 | 港航与交通运输工程学院 | 石化与能源工程学院 | |
| 数理与信息学院 | 经济与管理学院 | 人文学院 | |
| 教师教育学院 | 外国语学院 | 马克思主义学院 | |
| 创新创业学院 | 国际海洋教育学院 | （与国际交流合作处、港澳台办公室合署） | |
| 体育与军训教育部 | 海洋体育发展中心 | 继续教育学院 | |
| （与继续教育处合署） | 浙江海洋大学东海科学技术学院 | 萧山科技学院 | |
| 国家海洋设施养殖工程中心 | 海洋生物种质发掘利用国家地方联合实验室 | 创新应用研究院 | |
| 东海发展研究院 | 海洋高等教育研究所（与发展规划处合署） | 海洋水产研究所 | |
| 海洋与渔业研究所 | |||
