开设的院系有：
第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、继续教育学院(职业技术学院)管理学院、口腔医学院、马克思主义学院、国际教育学院、儿科医学系、麻醉学院、医学影像学院、外语系、体育教学部（运动康复系）计算机教学部、精神卫生学系临床技能教学模拟医院、第六临床医学院、第七临床医学院、第八临床医学院、第九临床医学院、第十临床医学院、第十一临床医学院、第十五临床医学院、精神卫生学院、晋祠学院。
| 院系设置 | |||
| 第一临床医学院 | 第二临床医学院 | 汾阳学院基础医学院 | |
| 公共卫生学院 | 药学院 | 法医学院 | |
| 护理学院 | 研究生学院 | 人文社会科学学院 | |
| 继续教育学院(职业技术学院)管理学院 | 口腔医学院 | 马克思主义学院 | |
| 国际教育学院 | 儿科医学系 | 麻醉学院 | |
| 医学影像学院 | 外语系 | 体育教学部（运动康复系）计算机教学部 | |
| 精神卫生学系临床技能教学模拟医院 | 第六临床医学院 | 第七临床医学院 | |
| 第八临床医学院 | 第九临床医学院 | 第十临床医学院 | |
| 第十一临床医学院 | 第十五临床医学院 | 精神卫生学院 | |
| 晋祠学院 | |||
