开设的院系有：
马克思主义学院、经济学院、法学院、人文学院、外国语学院、传播学院、数学与统计学院、物理与光电工程学院、化学与环境工程学院、生命与海洋科学学院、机电与控制工程学院、材料学院、电子与信息工程学院、计算机与软件学院、建筑与城市规划学院、土木与交通工程学院、管理学院、高等研究院、金融科技学院（南特商学院）、国际交流学院、继续教育学院、体育部、深大总医院、师范学院（教育学部）、艺术学部。
| 院系设置 | |||
| 马克思主义学院 | 经济学院 | 法学院 | |
| 人文学院 | 外国语学院 | 传播学院 | |
| 数学与统计学院 | 物理与光电工程学院 | 化学与环境工程学院 | |
| 生命与海洋科学学院 | 机电与控制工程学院 | 材料学院 | |
| 电子与信息工程学院 | 计算机与软件学院 | 建筑与城市规划学院 | |
| 土木与交通工程学院 | 管理学院 | 高等研究院 | |
| 金融科技学院（南特商学院） | 国际交流学院 | 继续教育学院 | |
| 体育部 | 深大总医院 | 师范学院（教育学部） | |
| 艺术学部 | |||
