开设的院系有：
研究生院（研究生工作部合署）、基础医学院、卫生管理学院、公共卫生学院、护理学院、药学院、金域检验学院、生命科学学院、马克思主义学院、体育部、外语部、国际教育学院、南山学院、第一临床学院、第二临床学院、第三临床学院、第五临床学院、第六临床学院、口腔医学院、市一临床学院、儿科学院、精神卫生学院、中西医临床学院、全科医学与继续教育学院。
| 院系设置 | |||
| 研究生院（研究生工作部合署） | 基础医学院 | 卫生管理学院 | |
| 公共卫生学院 | 护理学院 | 药学院 | |
| 金域检验学院 | 生命科学学院 | 马克思主义学院 | |
| 体育部 | 外语部 | 国际教育学院 | |
| 南山学院 | 第一临床学院 | 第二临床学院 | |
| 第三临床学院 | 第五临床学院 | 第六临床学院 | |
| 口腔医学院 | 市一临床学院 | 儿科学院 | |
| 精神卫生学院 | 中西医临床学院 | 全科医学与继续教育学院 | |
