开设的院系有：
马克思主义学院、体育部、基础医学院、第一临床医学院（中医系、中西医临床医学系）、第二临床医学院（临床医学系）、药学院、针灸推拿学院、医学技术学院、护理学院、公共卫生学院、人文管理学院、外语学院、国际教育学院、继续教育学院、陕西省中药资源产业化协同创新中心、针药结合创新研究中心、医学科研实验中心、整合医学研究院、国医大师研究院（张学文国医大师工作站、郭诚杰国医大师工作站）、中医药文化研究院。
| 院系设置 | |||
| 马克思主义学院 | 体育部 | 基础医学院 | |
| 第一临床医学院（中医系、中西医临床医学系） | 第二临床医学院（临床医学系） | 药学院 | |
| 针灸推拿学院 | 医学技术学院 | 护理学院 | |
| 公共卫生学院 | 人文管理学院 | 外语学院 | |
| 国际教育学院 | 继续教育学院 | 陕西省中药资源产业化协同创新中心 | |
| 针药结合创新研究中心 | 医学科研实验中心 | 整合医学研究院 | |
| 国医大师研究院（张学文国医大师工作站、郭诚杰国医大师工作站） | 中医药文化研究院 | ||
