开设的院系有：
中医临床学院、药学院（西北中藏药协同创新中心办公室）、针灸推拿学院、中西医结合学院、临床医学院、护理学院、基础医学院（敦煌医学研究所）、公共卫生学院、经贸与管理学院、信息工程学院 （教育技术中心）、人文与外国语学院（甘肃中医药文化传承发展中心办公室）、马克思主义学院、国际教育学院（丝绸之路中医药发展研究院）、藏医学院、体育健康学院、继续教育学院 （职业技能培训中心）、教学实验实训中心、第一附属医院临床教学部、第一附属医院研究生部、第二附属医院临床教学部、第二附属医院研究生部。
| 院系设置 | |||
| 中医临床学院 | 药学院（西北中藏药协同创新中心办公室） | 针灸推拿学院 | |
| 中西医结合学院 | 临床医学院 | 护理学院 | |
| 基础医学院（敦煌医学研究所） | 公共卫生学院 | 经贸与管理学院 | |
| 信息工程学院 （教育技术中心） | 人文与外国语学院（甘肃中医药文化传承发展中心办公室） | 马克思主义学院 | |
| 国际教育学院（丝绸之路中医药发展研究院） | 藏医学院 | 体育健康学院 | |
| 继续教育学院 （职业技能培训中心） | 教学实验实训中心 | 第一附属医院临床教学部 | |
| 第一附属医院研究生部 | 第二附属医院临床教学部 | 第二附属医院研究生部 | |
