开设的院系有：
基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、研究生学院、马克思主义学院、卫生管理学院、外国语学院、计算机信息学院、护理学院(卫生技术学校)、继续教育学院、口腔医学院、体育教学部、第一临床医学院、内蒙古临床医学院、第三临床医学院、鄂尔多斯临床医学院、赤峰临床医学院、包头临床医学院、蒙医临床医学院、中医临床医学院。
| 院系设置 | |||
| 基础医学院 | 药学院 | 中医学院 | |
| 蒙医药学院 | 公共卫生学院 | 研究生学院 | |
| 马克思主义学院 | 卫生管理学院 | 外国语学院 | |
| 计算机信息学院 | 护理学院(卫生技术学校) | 继续教育学院 | |
| 口腔医学院 | 体育教学部 | 第一临床医学院 | |
| 内蒙古临床医学院 | 第三临床医学院 | 鄂尔多斯临床医学院 | |
| 赤峰临床医学院 | 包头临床医学院 | 蒙医临床医学院 | |
| 中医临床医学院 | |||
