开设的院系有：
马克思主义学院、政法学院、教师教育学院、体育与健康学院、人文与新闻传播学院、外国语学院、数学与统计学院、物理与电子工程学院、化学化工学院、农业与生物工程学院（牡丹学院）、机电工程学院、计算机学院、城市建设学院、药学院、商学院、音乐与舞蹈学院、美术与设计学院、国际交流学院、创新创业学院、继续教育学院、远程教育学院、单县分校、郓城分校、东校区教学部。
| 院系设置 | |||
| 马克思主义学院 | 政法学院 | 教师教育学院 | |
| 体育与健康学院 | 人文与新闻传播学院 | 外国语学院 | |
| 数学与统计学院 | 物理与电子工程学院 | 化学化工学院 | |
| 农业与生物工程学院（牡丹学院） | 机电工程学院 | 计算机学院 | |
| 城市建设学院 | 药学院 | 商学院 | |
| 音乐与舞蹈学院 | 美术与设计学院 | 国际交流学院 | |
| 创新创业学院 | 继续教育学院 | 远程教育学院 | |
| 单县分校 | 郓城分校 | 东校区教学部 | |
