开设的院系有：
中文系经济与管理系、文化传播系、外国语系、教育系、美术系、音乐系、数学系、物理与信息工程系、化学与化工系、生命科学与工程系、计算机科学系、机械工程系、体育系、马克思主义学院、大学外语教学部、继续教育学院、教师教育学院、初等教育学院（曲阜师范校区）、学前教育学院（兖州师范校区）。
| 院系设置 | |||
| 中文系经济与管理系 | 文化传播系 | 外国语系 | |
| 教育系 | 美术系 | 音乐系 | |
| 数学系 | 物理与信息工程系 | 化学与化工系 | |
| 生命科学与工程系 | 计算机科学系 | 机械工程系 | |
| 体育系 | 马克思主义学院 | 大学外语教学部 | |
| 继续教育学院 | 教师教育学院 | 初等教育学院（曲阜师范校区） | |
| 学前教育学院（兖州师范校区） | |||
