重庆医科大学更好，这两所医科类大学完全不在同一个档次。无论是从学校名气，还是历史底蕴还是学科建设等多方面来对比，重庆医科大学都要好很多。
重医是重点大学。西南医科是二本。重医改名前叫重庆医学院。西南医科，改名前叫川南卫校。重医在重庆市区。西南医科在泸州。一个是地处二线城市。一个地处十八线乡村。根本不是一个层次的院校，没可比性。
从第四轮学科评估结果就能看出差距明显，西南医科大学只有临床医学获得了C-，而重庆医科大学的临床医学却是B+，同时重庆医科大学还有基础医学、药学、护理学、口腔医学、公共卫生与预防医学都上榜了。
从学校所在地和影响力上也能找到差距，西南医科大学虽然名字看起上档次，毕竟“西南”是包含了“重庆”的，但是西南医科大学是在四川泸州，前身还是叫“泸州医学院”。重庆医科大学在重庆大学城，处于西部科学城核心地段。
