有效群体大小，是指在群体遗传学中，美国遗传学家Sewall Wright在两篇标志性的论文中引入了有效群体大小这一概念。有效群体大小可能有两种定义方式，即方差有效群体大小（variance effective size）和近交有效群体大小（inbreeding effective size）。两种定义由F-统计衍生而来并紧密相连。
有效群体大小概念来源
在群体遗传学中，美国遗传学家Sewall Wright在两篇标志性的论文中引入了有效群体大小这一概念。他定义其为“在一个理想群体中，在随机遗传漂变影响下，能够产生相同的等位基因分布或者等量的同系繁殖的个体数量。”有效群体大小是很多群体遗传学模型中的基本参量，通常小于绝对的种群大小（N）。
有效群体大小释义
有效群体大小可能有两种定义方式，即方差有效群体大小（variance effective size）和近交有效群体大小（inbreeding effective size）。两种定义由F-统计衍生而来并紧密相连。
有效群体大小方差有效群体大小
在Wright-Fisher理想种群模型中，在给定上一代等位基因频率p时，等位基因频率p'的条件方差A为：
用B来表示该当前群体相同或通常更大的方差。则：
方差有效群体大小Ne定义为具有相同方差的理想种群的大小。此时令A和B相等并对N求解，可得到：
有效群体大小近交有效群体大小
另一种定义，近交有效群体大小通过近交系数相邻两代之间的变化来计算，此时Ne定义为和理想群体的具有相同近交变化的种群大小。
对于理想群体，近交系数依以下递归方程式计算：
利用回归交配指数(1 −F)代替近交指数得到近似递归方程式：
每一世代的差值是：
通过解：
可得出近交有效群体大小为：
