南通大学函授的专业有学前教育、小学教育、体育教育、药学、国际经济与贸易、工程管理、工商管理、会计学、电子商务、人力资源管理、公共事业管理、公共事业管理（卫生管理方向）、数学与应用数学（数学教育方向）电子信息科学与技术、物理学（物理教育方向、电气工程与自动化、软件工程、光电信息工程等。具体如下表所示。
| 层次 | 专业 | 学制 |
| 高起本，本科 | 学前教育 | 5.0年 |
| 机械工程及自动化 | 5.0年 | |
| 电气工程及其自动化 | 5.0年 | |
| 电子信息工程 | 5.0年 | |
| 光电信息工程 | 5.0年 | |
| 学前教育 | 5.0年 | |
| 计算机科学与技术 | 5.0年 | |
| 学前教育 | 5.0年 | |
| 专升本 | 社会工作 | 2.5年 |
| 教育学(教育管理方向) | 2.5年 | |
| 学前教育 | 2.5年 | |
| 小学教育 | 2.5年 | |
| 体育教育 | 2.5年 | |
| 国际经济与贸易 | 2.5年 | |
| 药学 | 2.5年 | |
| 工程管理 | 2.5年 | |
| 工商管理 | 2.5年 | |
| 会计学 | 2.5年 | |
| 人力资源管理 | 2.5年 | |
| 电子商务 | 2.5年 | |
| 公共事业管理 | 2.5年 | |
| 公共事业管理(卫生管理方向) | 2.5年 | |
| 数学与应用数学(数学教育方向) | 2.5年 | |
| 物理学(物理教育方向) | 2.5年 | |
| 电子信息科学与技术 | 2.5年 | |
| 机械工程及自动化 | 2.5年 | |
| 计算机科学与技术 | 2.5年 | |
| 电气工程与自动化 | 2.5年 | |
| 软件工程 | 2.5年 | |
| 光电信息工程 | 2.5年 |
