继续教育学院、国际学院(与国际交流与合作处/港澳台事务办公室合办事务，不设专职人员)。
理工科类学院
机械工程学院、电气工程学院、核科技学院、资源环境与安全工程学院、计算机学院/软件学院、土木工程学院、化工学院、数理学院
人文社科类学院
松霖建筑设计艺术学院、经济管理法学学院、语言文学学院、马克思主义学院、体育学院
衡阳医学院
基础医学院、药学部、公办卫生学院、护理学院、实验动物学系、附属第一医院/第一临床学院、附属第二医院/第二临床学院、附属第三医院、附属南华医院/南华临床学院、附属长沙中心医院/长沙中心医院临床学院、南华大学附属妇幼保健院(湖南省妇幼保健院)附属公办卫生病
