员工卷款逃跑的立案标准，应当依据具体情形而定。员工卷款逃跑有可能涉嫌职务侵占罪，所以员工卷款逃跑，数额在五千元至一万元以上的，公安机关应予立案。员工卷款逃跑还可能涉嫌盗窃罪，那么涉案金额达到1000元以上的，就可以立案。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条 公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
