违章超速超过50%以上的扣12分。根据规定，在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50％以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的，一次记12分，同时应当处二百元以上二千元以下罚款。
法律依据:
《道路交通安全违法行为记分分值》第一条
机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：
（九）驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20％以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50％以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的。
