超占宅基地的处理方法如下：
一、将超占的部分返还。可以将多余的宅基地有偿的退出交回给农村集体组织或者是进行复垦，从而可以获得国家予以的相关补贴。
二、强制拆除，收回超占宅基地。如果超占宅基地后不愿意接受到国家的处罚的，这部分超占多占的宅基地将会由农村集体组织进行强制收回，其超占部分上的建筑物也将会被给拆除。
三、付费有偿使用。超占宅基地的，将会遭到国家的处罚，在接受了处罚之后，则能够继续付费使用其超占、多占的宅基地。
【法律依据】
《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
